さて、ご指摘の件ですが、カーソルマーカーがいつも表示されているのを鬱陶しく感じる方もいらっしゃるので、現在の形にしてあります。
もちろんテキストフィールドにおいては一定時間でマウスカーソルが消えますから、ややトレードオフな部分もあります。

そもそもマウスカーソルにマーカーを表示するのは、入力時よりもキーボードショートカットを意識しております。
Adobe の製品などでは Command キーを押さず、単体のキーで機能するキーボードショートカットがあり、これは日本語入力モードで機能しないのです。
キーボードショートカットを使用する場面では視線が頻繁に移動しますから、視線の先にあることが多いマウスカーソルに表示するという方法が理にかなっています。

文字入力時はおよそ一定の範囲に視線が集まります。
このときは画面上下のカラーバーなどで確認してもそれほど面倒ではないかと思います。
ですから、本当ならキャレットに表示できれば良いのですが、その方法が見つかるまではカラーバーや Dock での表示が比較的有効であろうと考えております。

より多くの方の希望を叶えるには、より多くの方の使用環境を想定しなければなりません。
できる限り設定項目が煩雑にならないように気をつけてはいますが、今回のようなユーザビリティに関する部分につきましてはフィードバックをみながら判断しています。
賛否のある仕様変更かと思いますが、選択可能にしておりますので、ご理解いただければと思います。

ところで、build 12(version 0.7.3)がリリースされましたが、
その報告です。

マウスカーソルが隠れるのと併せてHideする様にした様ですが、
このBlogのコメント欄の様な入力フィールドに於いて、Hideしてしまうので
前バージョンの方が、個人的には未だ実用性が有り好ましいと考えます。

文句を云って申し訳ありません